Natürlich bringen die Löcher etwas: Ein Hitzestau wird verhindert. Außerdem saugt der Lüfter auch Luft durch diese Löcher an -> Mehr Luft, bessere Kühlleistung. Der Großteil der Löcher ist ja auch in der Ecke des Lüfters oder zumindest in der Richtung platziert.
Ein großer Lüfter und eine lange Heatpipe sind natürlich ebenso wichtig. Allerdings nützt beides gar nichts, wenn das Gehäuse so hermetisch versiegelt ist, das keine kühle Luft angesaut werden kann. Den Fehler hat Apple bei den Macbooks auch immer gemacht: Keine Lüfterlöcher auf dem Boden, und deswegen ein zu warmes Gehäuse bei Last (was auch damit zu tun hat, dass es dann einen Hitzestau gab und weil das Alu die Hitze so schön weitergibt nach außen).
Ob da Wasser leichter keinkommt, keine Ahnung. Da würden dann aber auch schon wenige Löcher reichen, generell ist kein ThinkPad komplett Wasserdicht (auch das X220 nicht, das hat es nur ganz gut weggesteckt. Außerdem war da ja auch vor allem der Innenraum nass, nicht die Unterseite).