Es bleibt nur der Binärvergleich der Dateien oder die Checksummen. Passende Programme, die mit so einer großen Anzahl an Dateien gut arbeiten, hab ich leider nicht zur Hand - würde mich aber auch interessieren.
Praktischer Tipp: Auf passende Einstellungen achten, also ob nur der Dateiinhalt zählt oder auch Dateisystem-Attribute wie Erstelldatum, Datum letzter Zugriff usw. oder auch Besitzer, Zugriffsrechte beim vergleich berücksichtigt werden.
Der Zeitaufwand wird ähnlich sein, wie die Zeit zum Sichern einer solchen Datenmenge. Der Flaschenhals dürfte die Lesegeschwindigkeit und die Zugriffszeit sein, wobei viele kleine Dateien länger dauern als wenige große.
Letztendlich würde ich erst mal davon ausgehen, das 99,99999% bis 100,0% der Dateien iO sind, sofern die Festplatte nicht irgendwelche "Stunts" hingelegt hat, was gegenteiliges erwarten ließe. Wenn eine Datei erst mal richtig auf die HDD geschrieben ist, bleibt sich das auch. Ansonsten würden Lesefehler (CRC-Error) auftreten, wie man sie früher von Disketten her kannte, wenn man auf die Datei zugreift, z.B. bei der Datensicherung (Datei-basierte Sicherungsverfahren mal vorausgesetzt). Im gleichen Umfang wie eigene Dateien (Musik, Bilder, Office) wären ansonsten ja auch Programmdateien betroffen und Windows oder die Software würde extrem instabil sein bzw. sogar gar nicht mehr laufen. Das widerspricht aber jeglicher Erfahrung.
Wenn dennoch Abweichungen auftreten, dürften es also nur sehr wenige Dateien betreffen und es sollte dann auch händisch machbar sein, die Unterschiede herauszusuchen.
Grüße Thomas