Es kommt immer auf das System, den verwendeten Verschlüsselungsalgorhytmus und das Anwendungsgebiet an. Ich habe auf meinem Fileserver (Athlon XP 2600) einen TrueCrypt-Container mit AES-TwoFish-Serpent-Verschlüsselung, da ist der Prozesser beim kopieren von Dateien über das Netzwerk komplett ausgelastet. Im Gegnsatz dazu hat sich weder der Bootprozess noch die normale Anwendungsstartzeit auf meinem alten Notebook (2GHz Pentium M) durch die komplette Systemverschlüsselung mit CompuSec verschlechtert.
Du solltest dir also erst mal Gedanken machen was genau du mit dem System anstellen willst. Wenn du unbedingt die neuesten Spiele auf der nächsten Netzwerkparty mitzocken willst dann wäre die Festplattenverschlüsselung nicht die beste Idee. Willst du ständigen Gigabit-Netzwerkdurchsatz haben und gleichzeitig noch irgendwelche Programme im Hintergrund compilieren, dann wäre es auch nicht wirklich angebracht. Aber für die Standardanwendungen wie Office, Filme schauen, Musik abspielen und Internet/Mail kannst du eigentlich nicht viel falsch machen.
Dazu kommen noch die nicht ganz so offensichtlichen Problemchen der Systemverschlüsselung:
Wenn dir das Betriebssystem aus irgendeinem Grunde stirbt dann wirst du ganz schön ins schwitzen kommen bevor du deine Daten wiedersiehst. Noch schlimmer natürlich wenn aus irgendeinem Grund das Dateisystem korrumpiert wird. Da ist meist komplett essig, da du die Daten nicht so ohne weiteres auf einem anderen System restaurieren kannst. Meistens eher gar nicht.
Wenn du immer ein aktuelles Backup erstellst und einen gesunden Grad an Paranoia an den Tag legst wirst du mit einem vollverschlüsselten System keine Probleme haben. Als Alternative wurde ja schon TrueCrypt genannt, wobei da so weit mir bekannt noch Probleme mit erweiterten Partitionen bestehen. Weiter gibt es (auch kostenlos für den privaten und professionellen Bereich)
CompuSec. Da ist ein ganzer Haufen an Zusatzfeatures wie verschlüsselte Netzwerkkommunikation, Wechselmedienverschlüsselung und noch ein paar andere dabei. Frag mich aber nicht ob und wie die funktionieren, ich hab da bisher nur die Systemverschlüsselung genutzt.