Ich habe mal etwas die Begriffe durchsortiert. An sich sind wir vom Thema durch. Der Compiler übersetzt in Maschinencode und fertig. Die Verwirrung kommt evtl. durch weiter Funktionen, die aber mit "Kompilieren" nichts zu tun haben.
Da Speicher früher sehr knapp war (CPU-storage und HD) hat man sehr schnell auch den (lesbaren) Programmcode gepackt (ähnlich den Zip Formaten). Der Loader (oder tools wie Disassembler) konnten den wieder entpacken. Im Speicherauszug war er immer lesbar, auf der HD als File direkt nur ungepackt. Dies Pack-Algorithmen sind öffentlich (nachvollziehbar ohne Schlüssel), d.h. gelten nicht als Chiffrierung. Allerdings waren die Packprogramme durchaus in der Lage, mit dem Packen gleichzeitig zu verschlüsseln. Das passiert(e) oft bei Auslieferung der Programme (auch in Packages), die dann per Installer mundgerecht mit dem Betriebssystem verbandelt wurden.
Bspl. Word hat anfangs in lesbarem Code gespeichert, irgendwann dann gepackt. Ungepackter Code/Text war natürlich leichter zu restaurieren im Crash-Fall. Gleiches gilt für verschlüsselte Daten/Programmcode - deshalb war Chiffrierung außer bei notwendigen Accountdaten nicht sehr beliebt. Zugriffsbeschränkungen (Lese-/Schreibschutz) gab es von Anfang an bei Multiprogramm-fähigen Betriebssystemen. Ganz am Anfang (-60er) lief auch auf den Mainframes zu einer Zeit nur ein Programm). Mit Multiprogramming wurden Zugriffe auf Speicher (und Daten/Programme) beschränkt. Leseschutz war von Anfang an mit dabei. Die Daten/Erlaubnis für Zugriffe wurden anfangs nur per Userid/Password geschützt, später dann verschlüsselt. Die klassischen Fehlercodes (bis heute) waren Zugriffsfehler auf geschütze Bereiche/Daten.
Zu Zip, weil es erwähnt wurde: es gab zum Zip-Programm einige Zeit Chiffrier-fähige Versionen, die das Pack-Produkt chiffrieren konnte. Funktionierte ähnlich heutigem PDF-Password-Schutz. Die durfte außerhalb USA nicht ausgeliefert/benutzt werden, wegen Exportbeschränkungen. Ich weiß den aktuellen Stand nicht, muß ich mal demnächst recherchieren. Solche IT-Exoten gab es immer wieder - H/W und S/W.
Falls ich Eulen nach Athen getragen habe, bitte überlesen/vergessen. Ist etwas Historie. Manche Begriffe werden heute ohne Hintergrundwissen bzw. Historie verwendet, und dann gibt es Mißverständnisse.