Auf meinem T61 (8891) sind nach dem SATA-II BIOS Update auf 2.29 - 1.08 aus diesem Link, die Tasten Fn + Strg permanent vertauscht.
http://www.ali.dj/sata-ii-support-for-lenovo-thinkpad-t61-x61-r61/
Im Downloadfile sind 2 Versionen enthalten, einmal mit "Ctrl + Fn swap" und einmal ohne...