Speziell mir rsync hättest Du das Dilemma ja nicht, es (r)emote (sync)hronisiert ja.
Und ich verweise noch mal auf das o.g. duplicati. Rein von dem, was Du schreibst, sollte das ein passendes Werkzeug dafür sein, was Du vorhast, wobei Du noch nicht beschrieben hast, was Du eigentlich genau wohin...