Nein, es ändert sich nichts. Den Compositor habe ich gar nicht installiert und/oder aktiviert.
Jetzt wird es knifflig.
Entweder ist die Leiste doch nicht ganz am unteren Rand - dann ganz runterzeiehen oder noch einmal entfernen und neu anlegen.
Was ich mir noch vorstellen kann, Du hast eventuell noch das Dock am unteren Ende und dort ist die Option des Reservierens ebenfalls noch aktiv.
Testhalber habe ich noch einmal mit all diesen Optionen gespielt, steht die Leiste auf automatisch verbergen, überlagert diese beim Aufklappen ebenfalls das Fenster, egal wie Reservieren eingestellt ist. Bei dauerhafter Einblendung ist das nicht der Fall, was ja irgendwo auch logisch ist.
Jetzt habe ich übrigens beim Nachsehen auf einem anderen PC unter Xubuntu 12.04 direkt feststellen müssen, die Option des Reservierens ist zumindest bei mir gar nicht vorhanden.
Du kannst bei Vorhandensein höchstens noch unter Einstellungen direkt im Einstellungseditor eingreifen und dort unter
xfce4-panel für das betreffende Panel die Option
disable-struts setzen (für das Abschalten dort ebenfalls den Haken entfernen). Ist sie nicht vorhanden, dann muss sie im Editor als neuer Wert angelegt werden mit der Pfadangabe:
/panels/panel-xyz/disable-struts und als Typ
Boolesch. Die Werte TRUE oder FALSE (gesetzter oder fehlender Haken) bewirken dann das Überlappen oder eben nicht.
Die Option wird dann bei mir unter Xubuntu zwar immer noch nicht im direkten Einstellungsfenster angezeigt, wirkt aber trotzdem.
Die eigentliche Konfigurationsdatei liegt unter
~/.config/xfce4/xfconf/xfce-perchannel-xml/xfce4-panel.xml, falls Du diese direkt bearbeiten willst.
Wenn es dann nicht funktioniert, bin ich auch erst einmal am Ende des Lateins:-(