Unter Windows klar NTFS. Denn abgesehen von der 4 GB Limitierung ist NTFS unter Windows auch deutlich performanter als FAT32.
Auch wenn Schreib- und Leseraten vergleichbar sind: Versucht mal einen Ordner mit sehr vielen Dateien auf einem FAT32 Volume zu löschen und macht das gleiche unter NTFS. Ergebnis: NTFS nahezu instantan, FAT32 dauert ewig.
Abgesehen davon bietet NTFS auch noch eine Vielzahl weiterer Features was Dateiberechtigungen u.Ä. angeht, die aber für den normalen Anwender meist uninteressant sind.
Insbesondere für Flashspeicher (d.h. USB-Sticks und SD-Karten, SSDs weiß ich nicht) performance-technisch interessant ist auch die Blockgröße: Umso größer die Blockgröße, desto schneller kann man vom Medium lesen/schreiben (unabhängig vom Dateisystem). Einziger Nachteil ist, dass auch eine sehr kleine Datei stets einen kompletten Block belegt. Bei den heutigen Kapazitäten spielt das aber ohnehin kaum eine Rolle.
- Um es quantitativ auszudrücken: Jede Datei verursacht im Mittel Blockgröße/2 an Overhead.
- Ein Beispiel: Auf meiner Datenplatte liegen rund 30.000 Dateien mit ~ 100 GB Gesamtgröße.
Standardblockgröße = 4 KB, also 300.000 * 4 KB / 2 = 59 MB, entspricht verschwindenden 0,06 % der Gesamtdatenmenge.
Große Blöcke, z.B. = 32 KB, also 30.000 * 32 KB / 2 = 479 MB, entspricht nicht einmal 0,4 % der Gesamtdatenmenge.
Bei SD-Karten zu beachten: Wenn diese in einer Kamera verwendet werden sollen, müssen sie natürlich in einem Dateisystem formatiert sein, dass die Kamera versteht, dann am besten direkt im Gerät formatieren.
Bei USB-Sticks und USB-Platten die oft an anderen PCs (oder insbesondere auch an anderen Geräten, z.B. dem Multimedia-Fernseher) angeschlossen werden sollen: Nicht jedes Gerät versteht jedes Format, FAT32 ist hier am kompatibelsten.