Von virtuellen Maschinen aus auf physische Hardware (in diesem Fall Grafikkarte/Monitorausgänge) zuzugreifen, war und ist schon immer eine nicht ganz einfache Sache gewesen. Besonders bei Betriebssystemen, deren Kernel sich nicht auf die speziellen VM-Zwecke anpassen lässt, wird es immer schwer. Windows ist so ein Fall, der Kernel ist closed source und daher nicht abzuändern. Die Virtualisierung ist für solche Zwecke ja deutlich besser geworden, aber immer noch kein Zuckerschlecken. Auch wenn das jetzt nicht das sein wird, was du gerne hören möchtest - aber wenn du Windows brauchst UND Harwarenähe benötigst, ersparst du dir mit einer nativen Windows-Installation viele viele graue Haare. Und dann kannst du deine Linux-Zwecke in vms unter Windows laufen lassen. Allerdings ist das nervig bzw. schwierig, wenn du Linux als Hauptsystem einsetzen möchtest. Dann würde ich auf Dual-Boot setzen, was natürlich die gleichzeitige Ausführung unmöglich macht. Ist alles nicht optimal...
Also:
Wenn du Windows+Hardwarenähe brauchst:
Windows als Hauptsystem, Linux in virtuelle Maschine packen. Vorteil: Windows läuft 100%ig. Nachteil: Linux ist dann nicht mehr so performant und etwas nervig.
Wenn du Windows UND Linux mit Hardwarenähe brauchst: Dual Boot. Vorteil: Beides läuft super. Nachteil: keine gleichzeitige Ausführung beider Systeme für Tests möglich
Wenn du Linux als Hauptsystem möchtest und auf einige hardwarenahe Funktionen in Windows verzichten kannst: So wie du es jetzt machst mit dem Hypervisor. Vorteil: Sehr leichte Einrichtung der virtuellen Maschinen, die dabei auch ziemlich performant laufen. Nachteil: in allen Systemen (außer dem Hypervisor, für den du ja auch ein vollwertiges Linux nehmen kannst) bekommst du evtl. Probleme bei Hardware-Geschichten. Besonders Grafik war lange ein großes Problem der Hypervisoren, da diese zunächst einfach für den Servereinsatz ohne Grafik gedacht waren. Bei Xen hat sich in der Richtung verdammt viel getan, aber wie du schon feststellst, läuft halt trotzdem nicht alles..
Und eigentlich alle Probleme, die du schilderst, hängen mit hardwarenahen Prozessen zusammen. Zweiter Monitor - ziemlich direkter Zugriff durch den Hypervisoren hindurch auf die Grafikkarte nötig. HotKeys: absolut direkter Zugriff auf den Bus zur Steuerung nötig. Auflösung: Zugriff auf die Grafikkarte nötig, wobei das ein Bug sein sollte, den man evtl. beheben, austricksen oder mit Updates beheben kann. USB: Hardware - durchschleifen nötig. Wenn das Zusammenspiel zwischen Hypervisor und Hardware klappt, sollte das aber möglich sein. Evtl. sind aber Anpassungen (Module/Treiber) im Hypervisoren nötig... Tippen: Das ist eine komische Sache, das dürfte nicht sein eigentlich...
//EDIT: Wenn du bei Virtualisierung bleiben willst, aber zumindest ein Linux mit voller Hardwareunterstützung haben möchtest, kannst du dir ja vielleicht auch mal KVM unter Ubuntu anschauen. Oder Ubuntu/Debian mit einem eigenen Xen-Kernel basteln. Letzteres dürfte eine verdammt gute Lösung ergeben, wird aber verdammt viel Aufwand, weil du dir deinen eigenen Kernel "bauen" und kompilieren musst.
