Moin,
das Problem scheint Compiz-spezifisch zu sein, denn z.B. funktioniert das Copy&Paste im Terminal per mittlerer Taste ja weiterhin. Du könntest mal probeweise den Parameter "EmulateWheelTimeout" erhöhen. Alternativ gib der Funktion eine andere Tastenkombi per "System -> Einstellungen -> CompizConfig Settings Manager" (Paket compizconfig-settings-manager).