Ich würde einen FTP-Clienten nutzen, der synchronisieren kann. Der muss dann zwar jedes Mal alle Ordner durchgehen, um die Dateiliste zu laden, aber das ist immer noch schneller, als manuell suchen oder gar jedes Mal alles zu laden.
Ich weiß, dass es da fertige Clients gibt, aber keine Ahnung, welche genau es da gibt.
Man kann auch FileZilla nehmen. Alles markieren, in den lokalen Downloadordner ziehen. Warten, bis Filezilla alle Ordner durchsucht hat (auch wenn zwischendurch schon das Popup kommt, was man mit existierenden Dateien machen will). Filezilla fragt dann, was es mit bereits existierenden Dateien tun soll. Da dann "Überschreiben falls Größe unterschiedlich oder Quelldatei aktueller" auswählen, außerdem Haken machen bei "Immer diese Aktion ausführen" und "Nur auf aktuelle Warteschlange anwenden". Im Hintergrund werden dann schon die Dateien laden, die vorher nicht existierten. Nach dem bestätigen dieser Meldung werden dann auch veränderte Dateien laden.
Auf dem Server gelöschte Dateien werden lokal aber nicht gelöscht.
Alternative: PureSync Professional. Kann o.g. auch alles automatisch. Richtig eingestellt kann es auch "echte" Synchronisation, bei dem also auch lokal eine Datei gelöscht wird, die auf dem Server auch gelöscht wurde. Wahlweise wird sie dabei noch x Tage aufbewahrt, bevor sie wirklich gelöscht wird. Und man kann auch die Synchronisationsrichtungen für einzelne Dateien (oder alles) auswählen, falls man mal nicht den Datenbestand vom Server auf die Platte rüberziehen will, sondern umgekehrt, den Server auf den gleichen Stand bringen möchte, wie er auf der Platte ist.
Einen Blick sollte man immer auf die Liste der zu synchronisierenden Dateien und deren Aktionen legen, da es auch nicht immer perfekt ist im "raten", welche Seite bei nicht existierenden Dateien denn nun aktueller ist, aber im Normalfall klappt das ziemlich gut.
Nachteil: Kostet 18,95€.
Es gibt vermutlich noch mehr Clients und Möglichkeiten