Die USB-Variante geht natürlich mit beiden Systemen, die Thunderbolt-Variante eigentlich nur mit Intel, wobei die Thunderbolt-Dock mit verminderter Leistung auch im USB- statt Thunderbolt-Betrieb genutzt werden kann, so dass einige Funktionen auch am AMD-Gerät funktionieren würden.
Die USB3-Dock braucht spezielle Display-Link-Treiber, die Thunderbolt-Dock die Thunderbolt-Treiber von Intel. Ersteres muss man ggf. nachinstallieren und Support in zukünftigen Windows-Versionen sieht zwar gut aus, ist aber nicht garantiert. Unter Linux kann die Installation etwas nerviger sein - je nach verwendeter Distribution und Version. Die Thunderbolt-Treiber kommen dagegen bei Windows AFAIK auch per Windows Update und sollten daher auch in Zukunft gut funktionieren, bei Linux sind sie in der Regel schon im Kernel einkompiliert, da muss man höchstens noch ein kleines Verwaltungstool aus den Paketquellen nachinstallieren, wenn man die Security-Features auch nutzen möchte.
Da die Bandbreite bei Thunderbolt ausreicht, wird hier das Grafiksignal unverändert ausgegeben, bei der USB3-Dock wird gegebenenfalls komprimiert an die Dock verschickt, was natürlich Leistung kostet und die Bildqualität verschlechtern kann (ob das allerdings sichtbar ist, ist fraglich, denn die Bandbreite ist ja doch noch recht hoch).
AFAIK ist bei USB3 die maximale Kabellänge nicht spezifiziert, aber 1m geht eigentlich immer, 3m in der Regel auch noch, darüber wird es kritisch.
Bei Thunderbolt ist bei passiven Kabeln bei 0,5m Schluss, längere Kabel müssen aktiv arbeiten - und solche Kabel sind teuer und selten.