Die beiden CPUs haben denselben Basistakt von 2,3 GHz, denselben Cache von 3MB, dieselbe HD Graphics 520 iGPU und denselben DDR4/LPDDR3/DDR3L Speichercontroller. Einziger Unterschied: der Core i5 kann bei Belastung auf bis zu 2,8 GHz hochtakten, solange er innerhalb des spezifizierten thermischen und TDP-Fensters bleibt. Dass du diese 500 MHz mehr spürst wage ich allerdings stark zu bezweifeln - die Faustregel besagt, dass ein Anwender erst ab 30% Leistungszuwachs subjektiv tatsächlich eine Verbesserung wahrnimmt. Die 500 MHz an Takt entsprechen einer Steigerung um knapp 22%, allerdings kommen davon in der Praxis nur max. 10-15% an, denn die Gesamtleistung wird noch von vielen weiteren Faktoren bestimmt. Mit anderen Worten: du wirst den Unterschied zwischen Core i3-6100U und Core i5-6200U zwar messen, jedoch nicht spüren können.
Davon abgesehen hat SF6 allerdings absolut recht: SSD lässt sich aufrüsten, Arbeitsspeicher lässt sich aufrüsten, aber die CPU ist fest verlötet und somit nicht austauschbar. Und in Grenzbereichen können die 500 MHz mehr dann tatsächlich den Unterschied zwischen "gerade noch schnell genug" und "spürbar langsam" ausmachen. Vielleicht noch nicht heute, aber wer weiß wie das in drei, vier, oder fünf Jahren sein wird? Vielleicht wäre es eine Option das X260 erstmal mit der schnelleren CPU und der billigen HDD zu nehmen und in ein paar Monaten, wenn dann Geld da ist, eine ordentliche SSD kaufen und die Festplatte in ein externes Gehäuse stecken und für Backups nutzen. Das Betriebssystem kannst du 1:1 von der HDD auf die SSD übernehmen, dafür gibt's sowohl kostenpflichte als auch kostenlose Software die das für dich erledigt, so dass du noch nicht mal neu installieren musst sondern genau da weitermachst, wo du aufgehört hast.
