Öffnen von PDFs per Word geht theoretisch, aber je nachdem kann es zu einigen Fehlern kommen (so mir passiert mit massenhaft fehlenden F bzw. Kombinationen davon aus einem PDF erstellt mit LaTeX geöffnet mit Office).
PDF-Annotator ist auch sehr gut bzgl. Notizen einfügen (allerdings wohl kostenpflichtig, ich habs damals in der ComputerBild (nur daher gekauft xD) bekommen). Ansonsten benutze ich aktuell xodo docs (Windows App) um direkt reinzuschreiben. Funktioniert ganz gut, aber manchmal kann man plötzlich nichts mehr reinschreiben - scheint also manchmal leicht instabil zu sein.