Elektronisches Laborbuch - Electronic Laboratory Notebook (ELN)

Ede_123

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Hallo zusammen,

ich habe kürzlich mit meiner Promotion im Fach Physik begonnen. Da ein Laborbuch in Papierform bei mir regelmäßig in Unordnung und Chaos ausartet und dabei denkbar unübersichtlich wird, habe ich mir überlegt künftig ein elektronisches Laborbuch zu führen. Meine Daten (als Experimentalphysiker kommt da schnell einiges zusammen) sortiere ich bereits einigermaßen übersichtlich in einer einfachen Ordnerstruktur, auf der ich prinzipiell aufbauen könnte.

Nach meiner bisherigen Recherche bin ich jedoch von der Vielzahl der derzeit existierenden Lösungen regelrecht erschlagen. Es scheint derzeit jeder ein Stück vom Kuchen ab haben zu wollen (die meisten Lösungen sind kommerziell), hilfreiche Vergleiche und Testberichte scheinen hingegen Mangelware zu sein. Mit übersichtlichen Feature-Listen und Screenshots geizen die Hersteller.


Meine Frage an euch lautet deshalb:
Kennt sich jemand mit der Thematik aus, kann ein Programm empfehlen und hat vielleicht selbst ein elektronisches Laborbuch im Einsatz?


Im Grunde würde mir bereits eine sehr einfache Lösung genügen, mit der ich meine Notizen übersichtlich mit den Messdaten verknüpfen kann und durch eine Ordnerstruktur und gegebenenfalls Tags etwas Ordnung ins Chaos bringen kann. Viel mehr brauche ich eigentlich gar nicht (auf Cloudspeicher, automatische Synchronisation, Webinterface, etc. kann ich z.B. verzichten).
 
Ich weiß jetzt nicht genau, was ein Laborbuch alles können muss bzw. wie die Anforderungen da genau aussehen. Aber ich kann dir als Geheimtipp Kirby empfehlen. Es handelt sich hierbei zwar um ein CMS, aber die einfache Ordnerstruktur, Markdown-Dateien und generell die einfache Syntax machen es zu viel mehr. Du könntest für jeden Eintrag einen Unterordner anlegen, mit sovielen Dateien wie du willst (Text, Bilder, etc.) und die Einträge dann im Frontend ausgeben lassen. Du könntest dir lokal auch ein Wiki installieren, aber der Vorteil ist hier natürlich, die einfache Handhabung.
 
Wir verwenden bei uns (Quantenoptiklabor) inzwischen hauptsaechlich ipython notebooks. Wenn man seine Auswerteroutinen in python hat, kann man direkt seine Auswertung fuer jeden Tag direkt in ein html fille speichern. Dann braucht man nur mehr eine geordnete Ordnerstruktur (Da haperts bei mir ein wenig ...) und schon hat man ein perfektes Laborbuch.

Dafuer kann man aber die plots fuer die paper oder meetings direkt im Laborbuch generieren, was richtig praktisch sein kann. Ob es was fuer dich ist, haengt natuerlich sehr davon ab, ob eure Infrastruktur mit python (numpy, pylab) kompatibel ist. Wir haben vor einiger Zeit unsere gesamte Auswertesoftware ohne Probleme von matlab auf python umgestellt (endlich keine Probleme mit den Lizenzservern mehr).

So ein notebook kann auch ziemlich gigantische Ausmasse bekommen...
 
Kennt sich jemand mit der Thematik aus, kann ein Programm empfehlen und hat vielleicht selbst ein elektronisches Laborbuch im Einsatz?

Im Grunde würde mir bereits eine sehr einfache Lösung genügen, mit der ich meine Notizen übersichtlich mit den Messdaten verknüpfen kann und durch eine Ordnerstruktur und gegebenenfalls Tags etwas Ordnung ins Chaos bringen kann. Viel mehr brauche ich eigentlich gar nicht (auf Cloudspeicher, automatische Synchronisation, Webinterface, etc. kann ich z.B. verzichten).

Bedingt. Wir hatten in einem ähnlich gelagerten Projekt mit dem KIT (Karlsruhe Institute of Technology) zusammengearbeitet. Dort hatte man eine Lösung als Prototyp, bei der die Daten im Lappi abgelegt wurden und auf dem Lappi ein QR-Code erzeugt wurde, den man ausdrucken und ins Laborbuch kleben konnte. Auf die Weise blieb das traditionelle Laborbuch erhalten, aber die Daten waren auswertbar auf dem Lappi verfügbar. Vielleicht mal beim KIT anfragen, was aus der Lösung geworden ist - die ganze Geschichte des Forschungsdatenmanagements ist jedenfalls aktiv in der Untersuchung und ideale Lösungen hatten wir damals auch nicht.
 
Wenn ich den Wikipedia Artikel richtig verstanden habe, könnte aus meiner Sicht Microsoft OneNote (die Software, nicht die App!) hier gut seinen Zweck erfüllen.
Nur zwei Punkte die dagegen Sprechen könnten:
1. Ihr verwendet Unix / Linux auf euren Rechnern, kein Windows
2. Dokumentenechtheit: Denke mal dies lässt sich so digital nicht richtig umsetzen.

Ansonsten dürfte OneNote passen:
Eingabe von Notizen als Text, mit Stift, Audioaufzeichnung. Einfügen von Bildern, Videos und Anhängen von anderen Dokumenten.
Erstellen von Querverweisen und Indizierung des ganzen.
Aufteilen in einzelne Kapitel, Unterkapitel, usw...
Wenn man es richtig bedient eines der mächtigsten Werkzeuge im Bereich digitale Notizbücher.
 
Vielen Dank für eure bisherigen Vorschläge! Sind ein paar interessante Ideen dabei.

Hier mal kurz zusammengefasst meine vorläufige Einschätzung:
  • Kirby sieht sehr interessant aus. Auf den ersten Blick scheint es vieles von dem zu können was ich erwarte (insbesondere die ordnerbasierte Struktur gefällt mir sehr gut). Womit ich mich nicht so recht anfreunden kann ist der Mangel an UI (ich würde nur ungern extra eine Skriptsprache lernen müssen) und die Auslegung der Software auf die Erstellung von Webseiten (bei wissenschaftlichen Daten handelt es sich nunmal meistens nicht um "Bilder" die man schön ansprechend einbinden kann; das Präsentieren und das Handling von beliebigen Dateien von einer Website aus stelle ich mir dann eher schwierig vor.
  • IPyhton sieht prinzipiell perfekt aus. Großes aber: Ich kann kein Python :(. Das könnte ich zwar sicher lernen, aber im Grunde soll mir das ELN die Arbeit ja erleichtern und nicht neue erzeugen. Außerdem ist MATLAB derzeit mein bevorzugte Lösung für die Auswertung von Messdaten, ich habe also leider erstmal nichts davon, dass IPython das alles "on-the-fly" könnte).
  • Der Prototyp vom KIT ist eher nicht was ich suche. Mir geht es nicht darum die Messdaten ins Laborbuch zu bringen (via QR-Code oder was auch immer), sondern ich will gerade den umgekehrten Weg gehen (die Infos aus dem bisherigen Papier-Laborbuch irgendwie in digitaler vorm bei den Messdaten zu haben).
  • OneNote sieht auch gut aus. Insbesondere denkbar einfach zu bedienen da Microsoft-KlickiBunti-Programm, das kommt mir in diesem Fall entgegen. Was mich daran stört, ist die Dokumentenorientierte Struktur (d.h. ich habe ein OneNote-Dokument mit unter anderem Textinhalt als oberstes Strukturelement und füge da alle Daten nach und nach ein). Lieber wäre es mir wenn Textinhalt und Daten unabhängig voneinander gespeichert werden würde, und die Gliederung durch ein unabhängiges Strukturelement, bspw. einen "Ordner", gebildet wird (hoffe es wird klar was ich meine).

Bin mal gespannt ob noch andere (vielleicht auch dedizierte) Lösungen vorgeschlagen werden. Dafür bin ich zwar im ThinkPad-Forum zugegebenermaßen nicht ganz im richtigen Forum, aber bei unserer Clientel ist ja auch der ein oder andere Physiker am Start. ;)
 
Bei OneNote kannst du auch extern gespeicherte Excel Dateien und sogar einzelne Elemente aus diesen (z.b. Tabellen) einfügen und diese dann auch bearbeiten.
Selbiges sollte eigentlich auch mit Word etc. funktionieren.
Du musst dabei nur aufpassen, dass du nicht aus Versehen zwei Excel-Dateien anlegst und die getrennt voneinander bearbeitest.

hier mal ein kleines Beispiel:
 
Ja, mag schon sein, nur hab ich mit Excel nun auch wirklich gar nichts zu tun, sorry. ;)
 
Vielen Dank für eure bisherigen Vorschläge! Sind ein paar interessante Ideen dabei.

Hier mal kurz zusammengefasst meine vorläufige Einschätzung:
  • OneNote sieht auch gut aus. Insbesondere denkbar einfach zu bedienen da Microsoft-KlickiBunti-Programm, das kommt mir in diesem Fall entgegen. Was mich daran stört, ist die Dokumentenorientierte Struktur (d.h. ich habe ein OneNote-Dokument mit unter anderem Textinhalt als oberstes Strukturelement und füge da alle Daten nach und nach ein). Lieber wäre es mir wenn Textinhalt und Daten unabhängig voneinander gespeichert werden würde, und die Gliederung durch ein unabhängiges Strukturelement, bspw. einen "Ordner", gebildet wird (hoffe es wird klar was ich meine).

Du kannst in OneNote natürlich auch Verknüpfungen zu Dateien erstellen. D.h. du könntest dir deine normale Ordnerstruktur (im Explorer) mit den benötigten Dateien aufbauen, das OneNote Notizbuch in den gleichen Ordner legen und einfach zu allen verwendeten Dateien nur immer Verknüpfungen ins OneNote Notizbuch ablegen. Somit bist du, was die Ordnerstruktur angeht, von OneNote unabhängig
 
Von wegen matlab VS python, da ist gar nicht so viel Unterschied:

http://wiki.scipy.org/NumPy_for_Matlab_Users

Sonst kannst ja einfach enthought canopy probieren, da ist alles dabei:

https://enthought.com/products/canopy/

Sobald man in matlab ein bisschen mehr als Matrizen multiplizieren muss, also Dateien verwalten oder strings manipulieren, dann wird das immer der grosse Murks. Von dem her ist python schon viel besser ....

Zur Not kann man Matlab Funktionen aber auch in python verwenden:

http://stackoverflow.com/questions/2883189/calling-matlab-functions-from-python

Ohne jetzt gross auf den Vorteilen von open source herumzureiten, aber es ist einfach praktisch, wenn man es ohne Lizenzierung einfach installieren kann ...

Ich weiss jetzt nicht in welchen Gebiet der Physik du unterwegs bist, aber fuer Quantenoptik/Quanteninformation loest python matlab langsam aber sicher ab. Da lohnt es sich dann schon was neues zu lernen. zB: Die veraltete quantum optics toolbox ist durch eine (wirklich gelungene) python librbary ersetzt worden:

http://qutip.org
 
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