Der Witz der Partie ist, dass TuneUp 2014 selbst nach manueller Löschung aller vermeintlichen Spuren eines Browsers dennoch unzählig viele Überreste findet

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Ja und? Wenn er sie nicht gefunden hätte, wären sie da und würden niemanden stören.
Die c't hat schon zu XP Zeiten Vergleiche angestellt zwischen Systemen mit winziger und riesig aufgeblähter Registry und konnte keine messbaren Performanceunterschiede feststellen. Falls ein paar MB meiner SSD von nicht mehr genutzten Dateien benutzt werden, juckt mich das nicht. Mir ist alleine die Zeit zu schade, darüber überhaupt nachzudenken. Sie ist immer noch groß genug.
Wie schon öfter geschrieben: solche Programme sind was für Leute, die früher am Auto rumgebastelt haben und jetzt den Computer als Selbstzweck sehen. Die den PC anschalten, um an Windows zu basteln. So kommts einem zumindest oft genug vor.
Die Programme zum Cleanen und Tunen wenden sich aber gerade an den Normaluser. Die werben schließlich in CHIP und Computer Bild und nicht in c't oder IT-Administrator. Und gerade bei diesen Usern besteht halt die Gefahr, sich irgendwelchen Kleinkrams zu zerlegen, der dann irgendwann später für Probleme sorgt. Wenn nach der "Optimierung" die Kiste nicht mehr bootet, wäre das ja eindeutig. Kommt auch vor, ich les in den entsprechenden Foren immer mal wieder von sowas. Viel schlimmer sind die Leute, die irgendwann ankommen und irgendwas klappt nicht, weil Einträge aus der Registry "weggetunt" wurden, was sich halt nicht mal eben so nachvollziehen lässt.
Die Registry-Dateien im Dateisystem werden von Windows selber defragmentiert. Vielleicht bei dir nicht, weil du die ganzen sinnvollen Windows-Performancesteigerungsfeatures wie Prefetcher etc. ja gleich abschaltest. Aber bei allen anderen Leuten schon. Und der Inhalt dieser Dateien ist wie schon so oft geschrieben wurde eine Datenbank, die nicht beim Booten komplett eingelesen wird, sondern bei dir nur auf die gerade benötigten Schlüssel zugegriffen wird.
Besonders lustig in dem Zusammenhang ist immer, dass da hunderte Programmierer bei Microsoft etwas bauen und dann kommen ein paar Leutchen ohne Sourcecode-Einsicht und meinen, sie verstünden das Feature ja viel besser und müssten dran optimieren. Logisch, die Tuneup Programmierer wissen vieeel mehr über Windows als Microsoft. Ist ja klar, die Werbung verspricht das ja.